昌吉职业技术学院药学与医学技术分院由原来的药学分院和临床与医学技术分院合并以后成立的一个分院，现开设医学检验技术、中医康复保健、口腔修复工艺技术、农村医学、药剂、中药药剂、药品营销专业共计七个专业，目前在校中职和高职学生共计1000余人，与新疆医科大学联合开办的医学检验技术业余成人本专科教育100人。分院下设药剂、中药、生理与药理、医学检验、医学技术、口腔医学、实训七个教研室，拥有34间实验实训室，大型仪器设备百余件，目前分院固定资产总值达600余万元。
目前分院教师总数58人，分院教学管理人员14人，其中分院书记1人、院长1人、副院长1人、副书记1人、教学秘书1人、考务秘书1人、行政秘书1人，教研室主任7人。专任教师39人，占教师总数的73%，行政兼职教师5人，占教师总数的9%；男性21人，女性36人；年龄以45岁以下的中青年教师为主，占教师总数的85%；汉族教师47人，占总数的81%，少数民族教师10人，占总数的17%；大学本科学历42人，占72%，研究生8人，占13.7%，以大学本科学历占主导；高级职称14人，占教师总数24.1%；中级职称16人，占教师总数27%；初级职称15人，占教师总数的28.5%；外聘教师27人。
分院目前有临床医学检验、生化检验、口腔工艺技术、中医针灸、康复、药理、药剂、中药、等34间实验实训室，实验实训室面积约2500平方米，各专业实验实训项目开出率均达到100%。开展校内各专业技能大赛六届。建立了自治区及乌昌等地州市的60余家二、三级医院，作为校外稳定的实训基地。
目前，药剂专业为国家首批中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业和自治区精品专业。药理学、天然药物提取分离技术为自治区精品课程。制定完善了医学检验、中医康复保健、口腔修复工艺技术等3个专业的人才培养方案；建成自治区级精品专业1个；自治区级精品课程3门、建成州级精品专业1个、校级精品课程5门；制定课程标准15门；主参编国家规划教材11部。积极承担“新疆维吾尔自治区面向村卫生室中等医学学历教育”项目教学工作，培训学员近千名。同时是昌吉州保健按摩、美容师、药品购销员3个项目的技能培训基地，面向在校生和社会人员开展职业技能培训，组织职业资格考核，每年培训鉴定人次达400余人。
本着“互惠互利、优势互补、资源共享”的原则，药剂专业和中药专业90%学生为订单学生。分院已经与新疆济康医药连锁有限公司、新疆新特药业连锁有限公司、新疆百草堂药品经营连锁有限公司、新疆好健康医药连锁有限公司、新疆普济堂医药连锁有限公司、新疆奇康哈博维药有限公司、新疆华世丹责任有限公司、新疆制药厂等多家药品生产与经营企业建立了订单培养关系。在医院、医药行业、牙科技术领域实现订单培养，目前与新疆佳音医院、新疆恒升科技有限公司、德国牙医协会等多家企业合作开办了5个订单班，培养订单班学生230余人。由于分院学生毕业后多从事在临床和生产第一线的工作，毕业生就业情况良好，就业率多年保持在90%以上。