学校前身是创办于1951年的江西省第五医士学校，1953年改名为上饶卫生学校，1958年在卫校的基础上创办上饶医学高等专科学校，1959年更名为赣东北医学院，1978年经江西省人民政府批准成立江西医学院上饶分院。2013年3月经江西省人民政府批准设立江西医学高等专科学校。
学校设有三江校区和书院路校区，占地864亩，建筑面积20余万平方米。学校仪器设备总值4000余万元；馆藏纸质图书38.7万册，电子图书100余万册，中外文期刊约500余种。学校面向全国28个省市自治区招生，目前有大中专在籍学生15855人。设有临床医学系、影像系、护理系、药学系、医学技术系和基础医学部、社科部等五系两部，建有实训中心和8个专业实验室。开设有临床医学、全科医学、公共卫生、护理、助产、临床影像、影像技术、放射治疗技术、医学检验技术、医学美容、医学美容技术、药学、药品生产技术、医学生物技术、康复治疗技术、中药学、卫生信息管理、眼视光技术等18个专业，其中医学影像、临床医学（全科医学方向）、助产和医学检验技术四个专业为省级特色专业。学校目前有直属附属医院1所（附属眼科医院1所）；在11家大中型企业和全国126所二级以上医院设有临床实习基地，校院合作、校企合作已经实现规范化、深入化、常态化。