石河子大学医学院前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校。 1949年8月1日，人民解放军第一野战军解放了甘肃天水，第一兵团司令员王震指示卫生部长潘世征办学校、办医院。潘部长将组建工作交给二军卫生部王逐北副部长，在当时的天水火车西站成立了第一兵团卫生学校筹备委员会，就地开展招生组建工作。
1949年10月16日，全校师生奉命进军新疆，行军到达哈密、吐鲁番后，根据兵团指示分南北两路进疆，南路由王逐北率领二、四大队由吐鲁番步行43天到达喀什，建立了南疆医训队。北路由政委李国清率领一、三大队，由哈密改乘苏联军用飞机到达迪化（乌鲁木齐）。一、三大队360名学员、24名教学工勤人员，与原联勤总部驻新疆卫生人员训练组46人合并，组建成立新疆军区卫生学校。1954年10月改名为生产建设兵团卫生学校，1959年12月又更名为兵团医学专科学校。1966年2月，更名为兵团医学院。1978年10月26日，遵照教育部的批示正式命名为石河子医学院。
1996年，原石河子医学院、农学院、兵团高等经济专科学校、兵团高等师范专科学校合并组建了石河子大学，学院更名为石河子大学医学院。